21XX 年
由於人類與思考型機器人之間反覆發生的騷亂，地球持續地荒廢中。
終於，人類開始向「宇宙」尋求生存之道。
前往衛星的移居計畫，隨著軌道電梯以及「」的完成，
開始正式執行。許多的「新世代思考型機器人」為了建設基地而被送往。
但是這些能夠利用 DNA 變身成任何人的新世代思考型機器人，
以其性能作為交換條件，複製了極其危險的 DNA。
那是應該已經完全消滅的，「西克馬」的 DNA......
之後思考型機器人的叛亂突然爆發，
艾克斯為了釐清事件真相，與傑洛、艾克塞爾，
三人朝向宇宙出發。
