本游戏共有“故事模式”、“闯关模式”、“VS模式（自由模式）”、“合作模式”、“训练模式”、“观察模式”等组成。
用某一角色打完一遍“闯关模式”（随机打败4个对手）即可学到一项专用必杀技，但有些必杀技是要在“故事模式”里达到相关条件才可学到的。学到必杀技后可在“必杀技装备”界面中（主菜单里的第五项）完成装备，每个角色一场战斗只可携带4项必杀技。
比较遗憾的是“合作模式”必须要两个手柄才能玩，不能与电脑合作。不过如果真的有2个人一起玩的话，那是绝对有乐趣的。
本人奋战了一宿后已于昨日将“故事模式”所有关卡打通，但并未都打到S级别。感觉难度明显比2代大，对操作的要求比较高。下面我来简要说一下基本操作：
前：向前移动，连按2下或按下去不放为“奔跑”
后：向后移动，连按2下或按下去不放为“后翻”
上：跳跃
下：下蹲
□：轻攻击（可配合方向键达成不同攻击方式）
△：重攻击（可配合方向键达成不同攻击方式）
○：超重攻击（命中后可以放必杀技）
╳：投技（可配合□、△、○键达成不同攻击方式）
L1：召唤战斗机（不过几乎没什么用）
R1：远程攻击
L2、R2：迪迦、戴拿、高斯等变换形态
本作的必杀技系统与前作差不多，战斗双方都有一个“红槽”，当角色被攻击时，红槽会增加，红槽被填满后会无法防御。当角色被“超重攻击”（○键）命中后，会进入晕眩状态，此时红槽会下降。而在下降的过程中，对手也在进入“必杀技准备状态”。在“必杀技准备状态”中，会出现一个控制器的界面。当蓄力蓄到一定时间时，控制器上会有按钮闪烁，此时按下手柄上的相应按钮就可以发出相应必杀技。当然，蓄力越久的必杀技越厉害，但所需要对手的“红槽”也越多。
具体事项可以看游戏里的教程，上面教授得很详细。
下面我将“故事模式”的各个关卡部分通关要求及隐藏要素做一个简明攻略。
每个关卡都有4个等级：C、B、A、S
达成一个目标提升一个等级。
关卡：再见了，宇宙英雄！（初代）
通关基本要求：
1、放出斯派修拇光线
2、在放出任一必杀技后战败
失败条件：
1、在未放出任何必杀技后战败
2、三分钟时间限制到
3、科特队基地被毁
额外目标：1、在体力50%以上时发射出斯派修姆光线
2、在所剩时间为1：30以上时通关
3、放出必杀技——锁定光环、八方光轮
4、放出三大必杀技后，初代战败。佐菲登场，用佐菲的M87光线A结束战斗
通关后：出现“怪兽殿下”关卡
关卡：怪兽殿下（初代）
通关基本要求：战斗胜利
失败条件：
1、战败
2、三分钟时间限制到
3、大坂城被毁
额外目标：
1、在体力50%以上时胜利
2、在所剩时间为1：30以上时通关
3、用“八方光轮”切断怪兽尾巴
4、拗断怪兽的角（用投技抓住对方即可）
关卡：奥特警备队向西前进（赛文）
通关基本要求：战斗胜利
失败条件：
1、战败
2、三分钟时间限制到
3、神户港所有建筑及船只都被毁
额外目标：
1、在体力50%以上时胜利
2、在所剩时间为1：30以上时通关
3、发射集束光线
4、经过1分钟后，奥特警备队会架起导弹，此时必须将金古乔引到导弹处，导弹便会发射，便可以破除金古乔的不坏之身（必要目标）
提示：在将金古乔引到导弹处的时候可以不断转换位置对其使用“超强攻击”，因为那时它不会攻击你，只是一直朝着有船的地方走。因为时间的问题，本关要达到S级有一定难度。
关卡：二大怪兽席卷东京（杰克）
通关基本要求：战斗胜利
失败条件：
1、战败
2、三分钟时间限制到
额外目标：
1、在体力50%以上时胜利
2、在所剩时间为1：00以上时通关
3、将长尾怪引到MAT队处，MAT队会发射火箭弹炸瞎它。
过一会儿古德会将长尾怪解决。
4、发射十字光线
通关后：如果顺利将长尾怪引到MAT队处，过关后可选择长尾怪。
关卡：死刑！奥特五兄弟！（艾斯）
通关基本要求：战斗胜利
失败条件：
1、战败
2、三分钟时间限制到
额外目标：
1、在体力50%以上时胜利
2、在所剩时间为1：30以上时通关
3、用“艾斯试验品”打赢艾斯杀手（直接S级别，并可选择艾斯试验品）
4、发射出艾斯最强必杀技——五兄弟之光
关卡：奥特英雄榜（泰罗）
通关基本要求：用车轮战战胜泰兰特
失败条件：
1、六兄弟全部战败
2、泰罗的三分钟时间限制到
额外目标：
1、解决泰兰特的奥特曼在体力50%以上时胜利
2、解决泰兰特的奥特曼在所剩时间为1：30以上时通关
3、每个战斗过的奥特曼都发送了奥特签名
4、泰兰特未到地球就被奥特五兄弟消灭
提示：奥特五兄弟分别在战斗时，要尽早将奥特签名发出（R1键）。否则下一位在战斗一开始就因为未及时察觉到泰兰特的踪迹而被它突然压到……伤1/3的血。本人最好成绩是用赛文就结果了泰兰特。
通关后：可在“自由模式”中选择五大行星的场景
关卡：东京沦陷（雷欧）
通关基本要求：战斗胜利
失败条件：
1、战败
2、2分40秒时间限制到
额外目标：
1、在体力50%以上时胜利
2、在所剩时间为1：30以上时通关
3、用赛文将马格马解决掉（直接S级别）
4、使用飞旋腿将孪生怪兽干掉
提示：其实本关获得S级别（用赛文通关）并不难，虽然赛文一上来被打得不堪一击，但只要使用快速轻拳即可使马格马的“红槽”迅速上升，然后使出必杀技。即使受到了马格马的“超级重击”也不要紧张，因为马格马几乎只会出一招必杀光线，完全可以将其防御成功。
通关后：出现关卡“MAC队全灭！”
关卡：MAC队全灭！（雷欧）
通关基本要求：战斗胜利
失败条件：
1、战败
2、2分40秒时间限制到
3、学校被毁
额外目标：
1、在体力50%以上时胜利
2、在所剩时间为1：30以上时通关
3、从圆盘生物的肚子里救出MAC战斗机（将敌人打下来后对其使用投技）
4、发射出雷欧光线（三角）
提示：本关难度有些大，主要是因为敌人（圆盘生物）一直都飞在空中，比较难打。必须等它在攻击雷欧的时候跳起来攻击它才能使它落到半空中，然后再跳一次击中 它就可以使它掉落在地上，然后对其使用拳脚攻击。不过很快它又会飞起来，必须不断按照上述方法攻击才可打赢它。当然，还要注意不要伤到学校。
通关后：雷欧学会雷欧光线并可使用奥特披风来防御敌人的远程必杀
关卡：怪兽的逆袭（迪迦）
通关基本要求：战斗胜利
失败条件：
1、战败
2、三分钟时间限制到
3、避难所被毁
额外目标：
1、在体力50%以上时胜利
2、在所剩时间为1：30以上时通关
3、火山爆发（在2分钟时会发生）此时怪兽的不坏之身会被破坏
4、用复合型光线干掉怪兽
通关后：出现关卡“邪恶迪迦”
关卡：邪恶迪迦（迪迦）
通关基本要求：战斗胜利
失败条件：
1、战败
2、三分钟时间限制到
额外目标：
1、在体力40%以上时胜利
2、在所剩时间为1：30以上时通关
3、在2：00时地下鲨鱼出现（自动）
4、生命值在50%以下时发射光线，出现光线对抗事件（疯狂按键游戏）
通关后：出现关卡“黑暗支配者”
关卡：黑暗支配者（迪迦）
通关基本要求：战斗胜利
失败条件：
1、在未进化状态，未发射出必杀技前被消灭
2、战斗机攻击命中不高，使怪兽将被石化了的迪迦敲碎……
3、进化后战败
额外条件：
1、进化后在体力50%以上时胜利
2、进化后在所剩时间为1：30以上时通关
3、进化后发射出迪迦最强必杀技
通关后：迪迦学会最强必杀技
关卡：上浮的移动要塞（戴拿）
通关基本要求：战斗胜利
失败条件：
1、战败
2、三分钟时间限制到
3、掉入冰河
额外目标：
1、在体力50%以上时胜利
2、在所剩时间为1：30以上时通关
3、脚下的冰地被破坏
4、使用必杀技——蓝色光球干掉怪兽
通关后：通关等级为B以上时，出现关卡“死斗！戴拿侗ΡΠ恶戴拿”
关卡：死斗！戴拿侗ΡΠ恶戴拿（戴拿）
通关基本要求：战斗胜利
失败条件：
1、战败
2、三分钟时间限制到
额外目标：
1、在体力20%以上时胜利
2、在所剩时间为1：00以上时通关
3、在2分钟时四周会出现磁场，将对手打到磁场上使他受到电击
4、生命值被打至剩30%时，会有平民来声讨邪恶戴拿。
关卡：阴笑的眼（盖亚）
通关基本要求：1、战斗胜利
2、在怪兽肚子里打败邪恶的眼睛
失败条件：
1、战败
2、三分钟时间限制到
额外目标：
1、在体力50%以上时胜利
2、在所剩时间为1：30以上时通关
3、在怪兽肚子里打败邪恶的眼睛
4、在未被吸收时呼叫“援军攻击”（L1键）
通关后：出现关卡“决胜之日”
关卡：决胜之日（盖亚）
通关基本要求：战胜阿古茹并战胜青龙（名字叫不出）
失败条件：1、战败
2、三分钟时间限制到
额外目标：1、在体力50%以上时胜利
2、在所剩时间为1：30以上时通关
3、发出与阿古茹死斗的必杀技
提示：这是我最后才打完的一关，一开始与阿古茹的战斗相当简单，很容易将其打败。而后面与青龙的战斗如果摸不到窍门的话很难获胜。与青龙战斗时只能在下面向上发射远程激光。同时必须躲避青龙喷出的激光炮弹。躲避只能靠反应及感觉了。记住，它发射的普通炮弹中几下不要紧，但如果看到它的口中有金色光芒闪烁，一定要马上避开，因为它在蓄力发射超级炮弹，中一下会伤2/3的血。所以要格外小心。
关卡：高斯VS杰斯提斯（高斯）
第一阶段（高斯VS杰斯提斯）
通关基本要求：1、战斗胜利
2、战斗失败
失败条件：1、三分钟时间限制到
2、任一导弹发射基地被损坏
第二阶段（高斯或杰斯提斯大战机器怪兽）
通关基本要求：被打到一定程度
失败条件：
1、三分钟时间限制到
2、敌人发射必杀技成功
第三阶段（高斯与杰斯提斯并肩大战机器怪兽）
通关基本要求：战斗胜利
失败条件：
1、战败
2、三分钟时间限制到
第四阶段（拦截宇宙光束）
通关基本要求：连打速度符合要求
失败条件：连打速度未达到要求
额外目标：并肩大战机器怪兽时
1、在体力50%以上时胜利
2、在所剩时间为1：30以上时通关
3、发出双人联合必杀
提示：如果在第一阶段高斯被杰斯提斯打败了，那么后面第二、三阶段控制的将是杰斯提斯，通关后可以在其他模式选择雷杰多。如果在第一阶段用高斯将杰斯提斯打败了，那么后面第二、三阶段控制的将是高斯，通关后不仅可以在其他模式选择雷杰多，还可以选择杰斯提斯。（雷杰多出现后，在重启机器后将会消失）
关卡：世界10大据点同时侵略
当故事模式其他所有已出现的关卡都在B等级或以上时，本关便会出现。
通关基本要求：战胜所有怪兽后战胜幕后操作的巴尔坦星人
失败条件：
1、与任一怪兽的战斗中战败
2、与任一怪兽的战斗中三分钟时间限制到
3、任一据点因为未及时清楚怪兽而被毁
额外目标：1、与巴尔坦星人的战斗中在体力50%以上时胜利
2、与巴尔坦星人的战斗中在所剩时间为1：30以上时通关
通关后：选择出战的奥特曼将习得一项专用必杀技
关卡：怪兽标本
故事模式所有已出现的关卡都在A等级或以上时，本关便会出现
通关基本要求：使用吸收到的怪兽将初代打败后，再用达达战胜初代
失败条件：3分钟限制时间到
额外目标：1、体力50%以上时胜利
2、所剩时间为1：30以上时通关
3、在吸取了7只怪兽后，可以吸取到出现的大超兽（名字叫不出，黄色外壳的龙）
4、仅吸取一只怪兽，并通关（S级）
关卡：雷德王的复活宣言
爱迪出现后就会出现本关
通关基本要求：战斗胜利
失败条件：
1、战败
2、3分钟时间限制到
额外目标：1、在体力50%以上时胜利
2、在所剩时间为1：30以上时通关
3、在打斗中破坏了大楼上的罐子（箭头所指），出现雷德王暴走事件
4、待定
通关后：通关等级在B以上时，出现关卡“激斗！爱迪VS赛文！”
关卡：激斗！爱迪VS赛文！
通关基本要求：战斗胜利
失败条件：1、战败
2、3分钟时间限制到
额外目标：1、在体力50%以上时胜利
2、在所剩时间为1：20以上时通关
3、当假冒赛文在医院附近时，发射必杀技“サッカーキック”
4、在所剩时间为1：30时发生假冒赛文被说服事件，赛文战斗力会下降
佐菲出现条件：按照顺序用初代、赛文、杰克、艾斯、泰罗在闯关模式各自通关一遍
阿古茹出现条件：用盖亚把闯关模式通关一遍，并要在最后一关与阿古茹对战时要变身为V2形态获胜。（变V2需要先通一次10大据点关卡学得）
邪恶迪迦出现条件：在通关故事模式“邪恶迪迦”后，用迪迦把闯关模式通关一遍（好像有机率性）
阿斯特拉出现条件：用雷欧通关“闯关模式”，每次都要用与阿斯特拉双人光线干掉敌人。
爱迪出现条件：故事模式所有已出现的关卡都在A等级或以上，所有奥特曼都通关一遍闯关模式及“世界10大据点同时侵略”
假冒赛文出现条件：关卡“激斗！爱迪VS赛文！”通关等级获得A级或以上等级
艾斯最强必杀技“五兄弟之光”习得条件：佐菲、初代、赛文、杰克、艾斯所有必杀技（除此必杀技）都习得。
